У вас линкед клоны или вм, разворачивающиеся из шаблона?

На вашем месте, я бы для начала посмотрел в сторону оптимизации рабочих золотого образа.

Optimization Guide for Windows 7 and Windows 8 Virtual Desktops in Horizon with View

VMware OS Optimization Tool www.vmware.com/resources/techresources/10157

Также проверьте:

- не обновляют ли массово десктопы в этом время антивирусные базы\windows обновления

- не происходит ли на сторадже каких-либо операций

Еще было бы не плохо для начала увидеть vmkernel.log и почитать его по времени возникновения проблем